17 செப்டம்பர் 2013 அன்று தனது 100வது பிறந்தநாள் முடிந்து 5 நாட்கள் கடந்தபின் இருதய நோயால் ஜப்பானின் டோக்கியோடொயோட்டா நகரத்தில் காலமானார். <ref>{{cite news |url=http://www.latimes.com/business/autos/la-fi-hy-eiji-toyoda-obit-toyota-20130917,0,7476968.story |title=Eiji Toyoda, car family scion who developed Corolla and Lexus, dies |work=Los Angeles Times |first=Jerry |last=Hirsch |date=2013-09-17 |accessdate=2013-09-18}}</ref> மரணமடையும்போது அவர் டொயோட்டா பணியாளர்களுக்காக 1938 இல் தொடங்கப்பட்ட டொயோட்டா மெமோரியல் மருத்துவமனையில் சிகிச்சை பெற்றுவந்தார். <ref>{{cite news |url=http://www.reuters.com/article/2013/09/17/toyota-eijitoyoda-idUSL4E8JN1OL20130917 |title=Eiji Toyoda, who helped steer Toyota's rise, dies at 100 |publisher=Reuters |first=Yoko |last=Kubota |date=2013-09-17 |accessdate=2013-09-18}}</ref>