இவரது காயங்களில் எப்போதும் நோய்த்தொற்று ஏற்படாதது மருத்துவ துறையால் விளக்கப்பட முடியாத அற்புதமாக இருந்தது.<ref name="time1"/><ref name="time2"/><ref>{{cite book|author=Michael Freze|year=1989|title=''They Bore the Wounds of Christ: The Mystery of the Sacred Stigmata''|publisher=OSV Publishing|ISBN=0879734221|pages=283–285}}</ref> இவரது காயங்கள் ஒருமுறை குணமடைந்தாலும், அவை மீண்டும் தோன்றின.<ref>[http://www.britannica.com/ebc/article-9375317 Padre Pio]</ref> லுய்ஜி ரொம்னெல்லி என்ற மருத்துவர், இவரது காயங்களைத் தொடர்ந்து ஒரு ஆண்டு காலமாக ஆய்வு செய்தார். ஜியார்ஜியோ ஃபெஸ்டா, க்யுசெப்பே பாஸ்டியனெல்லி, அமிக்கோ பிக்னமி ஆகிய மருத்துவர்களும் பலமுறை அவற்றை ஆராய்ந்தனர். ஆனால் அவர்களால் எதுவும் கூறமுடியவில்லை.<ref>[http://www.answers.com/topic/pio-padre Padre Pio]</ref> ஆல்பர்ட்டோ கசெர்ட்டா என்ற மருத்துவர் 1954ல் பியோவின் கைகளை எக்ஸ்ரே எடுத்து பார்த்துவிட்டு, இந்த காயங்களின் தாக்கம் எலும்புகளில் இல்லை என்று உறுதி செய்தார்.<ref>Ruffin, Bernard. ''Padre Pio: The True Story''; 1991 OSV Press ISBN 0879736739 pages 160–163</ref>
Itஇது wasஇவருக்கு reputed, however, that his condition caused himபுகழைத் greatதேடித் embarrassmentதந்தாலும், andஅக்காயங்கள் mostஇவரது photographsவேதனையை showஅதிகரிப்பதாகவே himஇருந்தன. withஇவரது redநிழற்படங்கள் mittensபலவும் orஇவரது blackகாயங்களிலிருந்து coveringsவடிந்த onஇரத்தத்தின் hisபதிவுகளைக் hands and feet where the bleedings occurredகாண்பிகின்றன.<ref name="time2"/> At1968ல் Padreபியோ Pio's death in 1968இறந்தபோது, his body appeared unwounded, with no sign of scarring. Allegedly there was report that doctors who examined his body found itஅவரது emptyகாயங்கள் ofஅனைத்தும் allசுவடின்றி bloodமறைந்துவிட்டன.<ref>{{cite web|date=2006-05-12|url=http://www.padrepio.com/app6.html| title =Padre Pio's Cell| work =Padre Pio Foundation| accessdate = 2006-05-12}}</ref>
Historian Sergio Luzzatto and others, both religious and non-religious, have accused Padre Pio of faking his stigmata. Luzzatto's theory, namely that Padre Pio used [[carbolic acid]] to self-inflict the wounds, is based on a document found in the Vatican's archive — the testimony of a pharmacist at the San Giovanni Rotondo, Maria De Vito, from whom he ordered 4 grams of the acid. According to De Vito, Padre Pio asked her to keep the order secret, saying it was to sterilise needles. The document was examined but dismissed by the Catholic Church during Padre Pio's [[beatification]] process.<ref name="fake">{{cite news|last=Moore|first=Malcolm| title = Italy's Padre Pio 'faked his stigmata with acid'| date = 2007-10-24| location = Rome| url = http://www.telegraph.co.uk/news/main.jhtml?xml=/news/2007/10/24/wpio124.xml|accessdate = 2008-01-19| work=The Daily Telegraph}}</ref>
One commentator expressed the belief that the Church likely dismissed the claims based on witnesses that stated the acid was in fact used for sterilization: "The boys had needed injections to fight the Spanish Flu which was raging at that time. Due to a shortage of doctors, Padres Paolino and Pio administered the shots, using carbolic acid as a sterilizing agent.”<ref name="fake"/><ref>Rega (2005), p. 55</ref>
