நீர்வாழ் சுற்றுச்சூழல் அமைப்புகளில் நீரின் வேதியியல் கலவை இயற்கை பண்புகள் மற்றும் செயல்முறைகளின் கீழ் கண்டவற்றைக்கீழ்க்கண்டவற்றைக் கொண்டு கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது. அவை மழைப்பொழிவு, அடியில் தங்கியுள்ள உள்ள மண் மற்றும் அடிவாரத்தில் உள்ள நீர்நிலைகள், அரிப்பு, ஆவியாதல் மற்றும் வண்டல் போன்றவையாகும்.<ref name="limnology book" /> அனைத்து நீர் நிலைகளும் கரிம மற்றும் கனிம கூறுகள் மற்றும் சேர்மங்களின் ஒரு குறிப்பிட்ட கலவையைக் கொண்டுள்ளன. உயிரியல் வினைகள் நீரின் வேதியியல் பண்புகளைப் பாதிக்கின்றன. இயற்கை செயல்முறைகளுக்கு மிக அதிகமாகவே, மனித நடவடிக்கைகள் நீர்வாழ் அமைப்புகளின் வேதியியல் கலவை மற்றும் அவற்றின் நீர் தரத்தை கடுமையாக பாதிக்கின்றன<ref name="water quality book" />
==== ஆக்சிசன் மற்றும் கார்பன் டை ஆக்சைடு ====
கரைந்த ஆக்சிசன் மற்றும் கரைந்த கார்பன் டை ஆக்சைடு பெரும்பாலும் சுவாசம் மற்றும் ஒளிச்சேர்க்கையில் அவற்றின் காரணமாக ஒன்றாகவே விவாதிக்கப்படுகின்றன. கரைந்த ஆக்சிசன் செறிவுகளை இயற்பியல், வேதியியல் மற்றும் உயிரியல் செயல்முறைகள் மற்றும் எதிர்வினைவினை மூலம் மாற்றலாம். காற்றுடன் கலத்தல் உள்ளிட்ட இயற்பியல் செயல்முறைகள் கரைந்த ஆக்சிசன் செறிவுகளை அதிகரிக்கும், குறிப்பாக நீர்வாழ் சுற்றுச்சூழல் அமைப்புகளின் மேற்பரப்பு நீரில் அதிக அளவு ஆக்சிசன் செறிவைக் கொண்டிருக்கும். கரைந்த ஆக்சிசனின் கரைதிறனானது, நீர் வெப்பநிலையுடன் இணைக்கப்பட்டுள்ளதால், வெப்பநிலையில் ஏற்படும் மாற்றங்கள் கரைந்த ஆக்சிசன் செறிவுகளை பாதிக்கின்றன, ஏனெனில் வெப்பமான நீர் ஆக்சிசனை குளிர்ந்த நீராக "பிடித்து" வைக்கும் திறன் குறைவாகப் பெற்றிருக்கும்.<ref name=":0">{{Cite book|title=Freshwater ecology : concepts and environmental applications of limnology|last=1958-|first=Dodds, Walter K. (Walter Kennedy)|date=2010|publisher=Academic Press|others=Whiles, Matt R.|isbn=9780123747242|edition= 2nd|location=Burlington, MA|oclc=784140625}}</ref>
==== நைட்ரசன் மற்றும் பாசுபரசு ====
[[நைட்ரசன்]] மற்றும் [[பாசுபரசு]] ஆகியவை நீர்வாழ் அமைப்புகளில் சுற்றுச்சூழல் ரீதியாக குறிப்பிடத்தக்க ஊட்டச்சத்துக்களாகும். நைட்ரசன் பொதுவாக நீர்வாழ் சுற்றுச்சூழல் அமைப்புகளில் ஒரு வாயுவாக உள்ளது, இருப்பினும் பெரும்பாலான நீர் தர ஆய்வுகள் நைட்ரேட், நைட்ரைட் மற்றும் அம்மோனியா அளவுகளாகத் தான் அவற்றைக் கருத்தில் கொள்கின்றன.<ref name="limnology book" /> இந்த கரைந்த நைட்ரசன் சேர்மங்களில் பெரும்பாலானவை வசந்த காலம் மற்றும் கோடைகாலத்துடன் ஒப்பிடும்போது இலையுதிர் மற்றும் குளிர்கால மாதங்களில் அதிக செறிவுகளைக் கொண்ட பருவகால முறையைப் பின்பற்றுகின்றன..<ref name="limnology book" /> நீரில் பொதுவாக செறிவு குறைவாக இருப்பதால் தாவரமிதவைகளின்தாவர மிதவைகளின் வளர்ச்சியைக் கட்டுப்படுத்தும் காரணியாக பாசுபரசு நீர்வாழ் சுற்றுச்சூழல் அமைப்புகளில் வேறுபட்ட பங்கைக் கொண்டுள்ளது. கரைந்த பாசுபரசு அனைத்து உயிரினங்களுக்கும் முக்கியமானது,<ref name="limnology book" /> இது பெரும்பாலும் நன்னீரில் முதன்மை உற்பத்தித்திறனுடன் மட்டுப்படுத்தப்படுகிறது, மேலும் அதன் தனித்துவமான சுற்றுச்சூழல் அமைப்புச் சுழற்சியில் மிக முக்கிய பங்கு வகிக்கிறது.<ref name="water quality book" />
