[[படிமம்:Yali pillars at entrance to Padmanabhaswamy temple at Thiruvanthapuram.jpg|250px|thumb|right|பத்மநாபசாமி கோயிலின் வாசல் பகுதி.]]
இக்கோயில் [[நம்மாழ்வார்|நம்மாழ்வாரின்]] பாடல்களிலிலிருந்து km,m,.,,.....,.,.., பத்தாவது நூற்றாண்டிலேயே இருந்ததற்கான சான்றுகள் உள்ளன. பின்னர் சேரமான் பெருமான் இக்கோயிலை முதன் முதலில் எழுப்பி, பூஜை முறைகளுக்கும் திருவிழாக்களுக்கும் ஆலய நிர்வாகத்திற்கும் ஏற்பாடுகள் செய்ததாகவும் ஓலைச்சுவடிகள் வாயிலாக அறிய முடிகிறது. தொள்ளாயிரம் வருடங்களுக்கு முன்னர் ஆலயம் மீண்டும் புதுப்பிக்கப்பட்டது. 1686-ல், தீப்பிடித்துக் கோயில் அழிந்து விட்டதால், மீண்டும் [[திருவிதாங்கூர்]] அரசின் மன்னரான [[மார்த்தாண்ட வர்மர்|மார்த்தாண்ட வர்மரின்]] முயற்சியால் 1729-இ அது புதுப்பிக்கப்பட்டது. அச்சமயத்தில்தான் மரத்தாலான மூல மூர்த்தி அகற்றப்பட்டு, 12000 சாளக்கிராமத்தினாலும் "கடுசர்க்கரா" என்ற அஷ்டபந்தனக் கலவையாலும் நிறுவப்பட்ட புது "அனந்தசயன மூர்த்தி" பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டது.<ref name="ReferenceA">பரணீதரன் எழுதிய கேரள ஆலயங்கள் பாகம்-1</ref>